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1、都是用来研究蛋白质相互作用的技术免疫共沉淀的话蛋白质是处于天然状态，蛋白质的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响，还可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。

2、但是问题是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；而且必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，如果抗体选错了就没有结果。

3、 GST pull-down是将GST融合蛋白作为探针固化到凝胶柱上，与溶液中的目的蛋白结合。

4、可以用来确定融合（或探针）蛋白与未知（或靶）蛋白间的新的相互作用，证实探针蛋白与已知蛋白质间可疑的相互作用。

5、但问题是这个方法可能会出现假阳性。

6、也就是也许是因为电荷作用的影响造成的吸附，而不是生理性的相互作用。

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